Roggen ist aufgrund seiner Anspruchslosigkeit, seiner hohen Wasseraufnahme- und Stickstoffeffizienz und seiner hohen Unkrautunterdrückung hervorragend für den Ökologischen Pflanzenbau geeignet. Allerdings sind die verwendeten Öko-Sorten durch sehr einfache Züchtungstechniken entstanden. Das Gesamtziel des Projektes ist deshalb die Entwicklung einer modernen, verbesserten Zuchtmethodik für selbstinkompatible Roggenpopulationen. Durch die Entwicklung von DNS-Markersystemen und entsprechender statistischer Methodik ist es heute möglich, auch die Populationszüchtung effizienter zu gestalten. Ausgehend von phänotypischen (Ertrags-) Daten der Nachkommen von Einzelpflanzen einer Population und der gleichzeitigen Genotypisierung dieser Einzelpflanzen mit (vielen) molekularen Markern kann der Zuchtwert dieser Elterngenotypen sowie von Pflanzen, die nur genotypisiert, aber nicht geprüft wurden, geschätzt werden (= Prinzip der genomischen Vorhersage).

Deshalb können aus einer neuen Saatgutprobe derselben Population die „Gründer“-Pflanzen einer neuen (ertraglich) verbesserten Population mit Hilfe der Markeranalyse selektiert werden. Neben dem Ertrag werden auch Wuchshöhe, Standfestigkeit, Tausendkorngewicht, Fallzahl und Backqualität berücksichtigt. Um den Erfolg dieses Zuchtschemas nachzuweisen, muss es einmal vollständig durchlaufen werden. Anschließend werden die beiden verbesserten Populationen mit dem Ausgangsmaterial verglichen und der Zuchtfortschritt für die verschiedenen Merkmale ermittelt. Wir überprüfen dieses Vorgehen an je einer Stichprobe von zwei marktüblichen Roggenpopulationen, die im ökologischen Landbau verwendet werden.